MySQL數據庫使用兩種不同的文件存儲數據：表文件和日志文件。表文件包含實際數據，而日志文件則記錄了數據庫的各種操作。

在表文件中，MySQL使用B+樹來存儲索引和數據。B+樹是一種有序樹結構，其中每個非根節點都有多個數據和指向子節點的指針。該結構具有快速搜索的能力，并允許進行快速插入和刪除。

示例：CREATE TABLE users (
id INT UNSIGNED AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY,
username VARCHAR(30) NOT NULL,
password CHAR(32) NOT NULL,
email VARCHAR(50) NOT NULL,
reg_date TIMESTAMP
)

上面的代碼創建了一個名為“users”的表，其中包含五個字段：id，username，password，email和reg_date。id字段是主鍵，由MySQL自動增加。其他字段分別具有它們自己的數據類型和限制。此時，MySQL將在表文件中創建一個包含所有用戶數據的數據文件，并為每個字段生成一個可排序的索引。

日志文件分為錯誤日志，查詢日志和二進制日志。錯誤日志記錄了MySQL服務器的錯誤和警告信息。查詢日志記錄了MySQL接收的所有查詢。二進制日志捕獲數據庫修改操作，如UPDATE，INSERT和DELETE語句，并記錄在二進制格式的日志文件中，可以用于在事件的發生時間點恢復數據庫。

示例：mysqlbinlog binary_log_file

上面的代碼使用mysqlbinlog命令來查看二進制日志文件的內容。