MySQL 數據庫存密碼的目錄結構是非常重要的，因為 MySQL 存在一個加密后的密碼文件，該文件存儲了所有用戶的密碼。

根據安裝過程的不同，MySQL 存儲密碼的目錄可能會有所不同。最常見的目錄結構是：

/var/lib/mysql/mysql/user.MYD
/var/lib/mysql/mysql/user.MYI
/var/lib/mysql/mysql/user.frm
/var/lib/mysql/mysql/db.MYD
/var/lib/mysql/mysql/db.MYI
/var/lib/mysql/mysql/db.frm
/var/lib/mysql/mysql/proxies_priv.MYD
/var/lib/mysql/mysql/proxies_priv.MYI
/var/lib/mysql/mysql/proxies_priv.frm
/var/lib/mysql/mysql/host.MYD
/var/lib/mysql/mysql/host.MYI
/var/lib/mysql/mysql/host.frm

這些文件存儲 MySQL 數據庫的用戶名、密碼和權限。在這個文件中，MySQL會自動給新增的用戶分配一個密碼并保存在密碼文件中。

如果需要更改密碼，可以使用 MySQL 提供的 SET PASSWORD 命令。這將在密碼文件中覆蓋原始密碼。

需要注意的是，MySQL 的密碼存儲不是完全安全的，因為攻擊者可以通過一些方法來獲取密碼文件。為了防止此類攻擊，需要對密碼文件進行加密和保護。

在實際生產環境中，通常建議不要直接修改這些密碼文件，而是使用 MySQL 提供的管理工具來管理數據庫的用戶和密碼。例如 MySQL Workbench 等工具，這些工具可以安全地修改密碼，而不需要操作密碼文件。