MySQL數據庫中，InnoDB存儲引擎使用的是一種叫做ibd的文件格式來存儲數據。ibd文件是InnoDB存儲引擎中的表空間文件，它存儲了表中的數據和索引。

InnoDB是MySQL數據庫默認的存儲引擎，它的優點是支持事務、并發處理能力強、數據完整性高等。InnoDB的數據存儲是基于聚簇索引（也就是主鍵索引）的，因此每個InnoDB表（包括系統表）都有一個對應的.ibd文件。

當在InnoDB表中插入數據時，數據不是直接寫入到.ibd文件中，而是先寫入到內存中的緩沖池（Buffer Pool），再由InnoDB存儲引擎根據算法和策略將數據寫入.ibd文件中，這也就是所謂的“臟數據刷新”（Dirty Page Flushing）。

除了數據和索引外，ibd文件中還包含了表的元數據、數據頁（Data Page）和索引頁（Index Page）。每個數據頁大小默認是16KB，其中包含了多個數據行。每個索引頁大小也是16KB，默認包含了多個索引項。

ibd文件中的數據和索引是分別存儲在不同的數據頁或索引頁中的。這也就是說，某個表的數據和索引可能分別存在多個不同的數據頁或索引頁中。在訪問這些數據頁或索引頁時，InnoDB存儲引擎會根據需要進行讀取。

示例代碼：
CREATE TABLE example (
id INT PRIMARY KEY,
name VARCHAR(50)
) ENGINE=InnoDB;
INSERT INTO example (id, name) VALUES (1, 'John');
INSERT INTO example (id, name) VALUES (2, 'Alice');
INSERT INTO example (id, name) VALUES (3, 'Bob');
-- 查看表的.ibd文件路徑
SHOW TABLE STATUS WHERE Name = 'example';