MySQL密碼在存儲和傳輸時需要加密，保障數據安全。Java中可以使用MySQL提供的加密函數進行加密操作。

//連接MySQL數據庫
String url = "jdbc:mysql://localhost:3306/mydb";
String user = "root";
String password = "root";
Connection conn = DriverManager.getConnection(url, user, password);
//查詢用戶密碼
String sql = "SELECT password FROM users WHERE username = ?";
PreparedStatement stmt = conn.prepareStatement(sql);
stmt.setString(1, "username");
ResultSet rs = stmt.executeQuery();
//獲取密碼并加密
String password = rs.getString("password");
String encryptedPassword = "MD5(" + password + ")"; //使用MD5加密

以上代碼中，使用了MD5加密算法對從數據庫查詢到的密碼進行了加密。可以根據需要選擇其他加密算法，如SHA1等。

加密后的密碼可以存儲在數據庫中，以保證數據安全。在用戶登錄時，也需要將用戶輸入的密碼加密后與存儲的密碼進行比對。

總體來說，將MySQL密碼加密的過程并不復雜，通過Java中提供的MySQL加密函數，可以輕松實現數據的安全存儲。