在命令行窗口中，我們可以通過以下步驟運行MySQL：

1. 打開命令行窗口（按下Win+R，輸入cmd， 然后按下Enter鍵）；
2. 在命令行中鍵入“mysql -u 用戶名 -p”，然后按下Enter鍵；
3. 系統將提示輸入密碼，請鍵入MySQL用戶的密碼；
4. 如果輸入的密碼正確，那么就可以成功進入MySQL操作界面了。

在運行過程中，我們可以通過不同的參數對MySQL進行設置。比如，如果需要更改默認的字符集，就可以通過-p命令來指定新的字符集。

mysql -u 用戶名 -p --default-character-set=utf8mb4

除此之外，我們還可以通過MySQL的配置文件修改認證方式、指定端口以及日志輸出等。同時，我們也可以在命令行中輸入SQL語句進行數據操作，比如查詢、刪除等。

mysql>select * from users where age >20;
mysql>delete from users where id = 1;

總結來說，通過在命令行窗口中運行MySQL，我們可以很方便地對數據進行操作，并可以通過不同的參數進行定制化設置。