MySQL主從復制被廣泛用于構建高可用性數據庫系統，但它也有一些缺點：

1. 數據不一致性
當主服務器的事務沒有及時應用到從服務器上時，就會出現數據不一致性。這可能會導致從服務器的數據與主服務器的數據不一致，因此需要謹慎配置。

2. 潛在的性能問題
主從復制需要占用大量的帶寬和計算資源，因此它會導致潛在的性能問題，特別是當主服務器需要處理大量數據時。這可能會導致從服務器延遲，并且無法及時處理讀取請求。

3. 復制延遲
因為主從復制需要將數據從主服務器復制到從服務器上，因此它會出現復制延遲的問題。這可能會導致從服務器無法及時跟隨主服務器的變化，從而降低系統的可用性。

在使用MySQL主從復制時，需要謹慎處理這些問題以確保系統的高可用性。