MySQL數據庫是目前應用最廣泛的關系型數據庫之一，在企業應用開發中被廣泛使用。

然而，當我們在MySQL中使用兩個單獨的索引時，可能會遇到死鎖的情況。死鎖是指兩個或多個事務在互相等待對方釋放資源的狀態，導致事務無法繼續執行并陷入無限阻塞的狀況。

下面我們通過一個實例來說明MySQL中使用兩個單獨索引死鎖的情況：

CREATE TABLE test (
id INT PRIMARY KEY,
col1 INT,
col2 INT,
INDEX idx1(col1),
INDEX idx2(col2)
) ENGINE=InnoDB;

假設在多個事務中同時進行以下兩個操作：

事務A:
UPDATE test SET col1=1 WHERE id=1;
事務B:
UPDATE test SET col2=1 WHERE id=2;

如果事務A已經鎖定了id=1這一行數據，并且正在等待col2的鎖時，此時事務B也鎖定了id=2這一行數據，并且正在等待col1的鎖。這時候就出現了互相等待對方釋放鎖的情況，導致事務A和事務B陷入死鎖狀態。

為了避免這種情況，我們需要使用索引合并。索引合并是指將多個索引合并成一個以滿足查詢條件，從而減少加鎖數量。在MySQL中，可以使用FORCE INDEX提示強制使用特定的索引進行查詢，或者使用優化器自動確定一個最優的索引。

事務A:
UPDATE test FORCE INDEX(idx1) SET col1=1 WHERE id=1;
事務B:
UPDATE test FORCE INDEX(idx2) SET col2=1 WHERE id=2;

通過使用FORCE INDEX提示強制使用特定的索引，我們可以避免出現死鎖的情況。當然，還有其他的一些避免死鎖的方法，比如降低事務隔離級別、使用鎖等待超時機制等等。

總之，在MySQL中使用兩個單獨索引時需要格外注意，遇到死鎖的情況需要從各個方面進行排查并采取相應的處理措施。