MySQL和Microsoft SQL Server（MSSQL）是當前在市場上最受歡迎的關系型數據庫管理系統。MySQL是一種免費的開源數據庫，而MSSQL則是一種專有軟件，為此提供了更多的支持和高級功能。

MySQL和MSSQL在許多方面都非常相似，例如它們都使用SQL來管理數據。它們也都支持多個客戶端連接，以及廣泛的標準數據庫特性，例如ACID（原子性，一致性，隔離性和持久性），具有伸縮性、安全性等。

然而，MySQL的優勢在于它是一個開源項目，因此可以免費下載和使用。此外，MySQL可以在許多平臺上運行，并可以擴展以支持各種應用程序的需要。

與此不同，MSSQL比MySQL更強大，提供了許多功能和工具來管理和優化數據庫。例如，MSSQL Server 提供了可完全管理的企業級解決方案，可以訪問更多的集成開發環境（IDE），以及其他數據庫管理工具，例如SQL Server Management Studio、SQL Server Reporting Services和SQL Server Integration Services等。

示例代碼：
// MySQL連接代碼
$conn = mysqli_connect("localhost", "my_user", "my_password", "my_db");
// MSSQL連接代碼
$serverName = "localhost";
$connectionInfo = array( "Database"=>"my_db", "UID"=>"my_user", "PWD"=>"my_password");
$conn = sqlsrv_connect( $serverName, $connectionInfo);

盡管MySQL和MSSQL都是強大的數據庫管理系統，但它們在許多方面也有一些不同的限制和需求。與此同時，MSSQL擁有更強大的服務器性能和高級功能，而MySQL則是選擇性價比更高的數據庫系統。

總之，在決定選擇哪種數據庫管理系統時，需要根據自己的項目需求和資金預算做出自己的決策。