MySQL是一種廣泛使用的關系型數據庫管理系統，它使用一種稱為MySQL協議的協議與應用程序通信。
該協議允許應用程序通過網絡連接到MySQL服務器，從而可以執行各種數據庫操作，如查詢、插入、更新和刪除。

MySQL協議默認端口是3306，因此，當使用MySQL的應用程序連接到服務器時，它將使用3306端口進行通信。
這意味著MySQL服務器必須打開3306端口，以允許來自客戶端應用程序的連接。

示例代碼：
//建立與MySQL服務器的連接
$servername = "localhost";
$username = "username";
$password = "password";
$dbname = "myDB";
// 創建連接
$conn = new mysqli($servername, $username, $password, $dbname);
// 檢查連接是否成功
if ($conn->connect_error) {
die("Connection failed: " . $conn->connect_error);
}
echo "Connected successfully";

當應用程序連接到MySQL服務器時，它必須通過使用MySQL協議進行身份驗證，以確保只有經過授權的用戶可以訪問MySQL服務器。
如果身份驗證失敗，服務器將拒絕用戶的連接請求。

除此之外，MySQL協議還支持許多其他操作，如數據預處理、數據庫創建和刪除、日志記錄和備份等。

總之，MySQL 3306協議是MySQL數據庫管理系統與應用程序之間進行通信的協議，通過它，應用程序可以執行各種數據庫操作。