在Linux服務器上，如果要通過MySQL連接到外部應用程序，需要打開MySQL的3306端口。

以下是如何打開該端口的步驟：

1. 登錄到命令行界面
2. 執行以下命令安裝防火墻： sudo apt-get install ufw
3. 執行以下命令啟用防火墻：sudo ufw enable
4. 執行以下命令打開3306端口：sudo ufw allow 3306/tcp
5. 執行以下命令重新加載防火墻：sudo ufw reload

打開MySQL的3306端口后，外部應用程序就可以通過MySQL與Linux服務器進行通信了。注意，如果您的服務器已經安裝了其他防火墻，則需要根據情況更改上述命令。