Java連接MySQL數據庫時常常會遇到連接超時的問題。這個問題通常是由于連接池配置不正確或者MySQL配置不正確導致的。

首先，我們需要確認我們使用的是正確的MySQL JDBC驅動。在連接MySQL數據庫之前，我們需要加載MySQL驅動。如果我們沒有把MySQL驅動放在classpath中，那么程序就會拋出ClassNotFoundException。

try {
Class.forName("com.mysql.jdbc.Driver");
} catch (ClassNotFoundException e) {
e.printStackTrace();
}

接下來，我們需要確認我們的連接池配置是否正確。如果我們使用了連接池，那么我們就需要確認我們的連接池配置是否正確。我們可以通過設置連接池中的最大連接數、最小連接數和空閑連接時間等參數來優化連接池的性能。

// 設置連接池中最大連接數
dbcp.setMaxActive(100);
// 設置連接池中最小連接數
dbcp.setMinIdle(10);
// 設置空閑連接保持時間
dbcp.setMaxIdle(1000 * 60 * 30);

最后，我們需要確認我們的MySQL配置是否正確。如果我們的MySQL配置不正確，那么連接可能會超時。我們可以通過修改MySQL配置文件來優化MySQL服務器的性能，比如修改wait_timeout參數、max_allowed_packet參數等。

# 等待連接時間，如果客戶端在此時間內沒有發起任何請求，則MySQL服務器斷開連接
wait_timeout=60
# 設置最大的數據包大小
max_allowed_packet=32M

總之，連接MySQL數據庫超時是一個常見的問題，我們需要深入了解連接池和MySQL服務器的配置，并進行優化，以提高程序的性能。