可以,事實上現在用不到超級計算機的算力就可以模擬出病毒的變化。
2020年1月7日,國內已經測出了病毒基因的全序列,并且在1月10日向世界衛生組織分享了病毒的全序列基因圖譜。
新冠狀病毒是RNA病毒,在弄清楚基因序列的情況下,還需要弄清楚,RNA空間機構排列順序,以便于弄清楚RNA可以合成的蛋白質。
冠狀病毒有3萬多個堿基,相比于艾滋病1萬多個堿基,埃博拉病毒2萬個堿基,冠狀病毒的RNA長度更長。并且學過生物學的都知道,RNA作為單鏈非常不穩定,極其容易變異。
新冠狀病毒與SARS病毒基因圖譜片段對比
因此在掌握了病毒基因序列后,還需要弄清楚病毒的三位空間結構,以及當前變異狀態下的全系圖譜。
根據國家衛健委公布的《新型冠狀病毒感染的肺炎診療方案(試行)》,冠狀病毒為不分節段的單股正鏈RNA病毒,屬于巢病毒目(Nidovirales)冠狀病毒科(Coronaviridae)正冠狀病毒亞科(0rthocoronavirinae),根據血清型和基因組特點冠狀病毒亞科被分為a、β、v和δ四個屬。已知感染人的冠狀病毒有6種,包括a屬的229B和NL63,β屬的0C43和HKU1、中東呼吸綜合征相關冠狀病毒(MERSr-CoV)和嚴重急性呼吸綜合征相關冠狀病毒(SARSr-CoV)。此次從武漢市不明原因肺炎患者下呼吸道分離出的冠狀病毒為一種屬于β屬的新型冠狀病毒。
百度在1月30日,發布公告免費開放線性時間算法LinearFold以及世界上現有最快的RNA結構預測網站,以提升新型冠狀病毒RNA空間結構預測速度。
由于本身RNA的變異,并不單單是基因變異,還有空間結構的變化。因此,做到快速核酸檢測,以及快速的基因,以及空間結構檢測,才能夠知道是否變異。
說白了,如果能夠每一個患者的病毒核酸都進行空間結構檢測,當然是最好的,但是這個顯然是無法完成的,一方面,能夠有效分理出病毒,另一方面需要消耗大量的計算資源。
國內阿里云已經免費開放算力為抗擊疫情服務。此外天河超級計算機,也免費開放算力在高通量的虛擬藥物篩選、生物大分子動力學模擬、全基因組測序分析以及生物大分子三維冷凍電鏡數據處理等方面為研究機構提供藥物研發,疫苗研發。
總結:盡管超級計算機的算力非常強悍,但是病毒的變異,本身伴隨多種不確定性。目前,超級計算機的算力當務之急,還是尋找病毒基因靶點,并且驗證各類藥物的有效性,以及疫苗的快速研發。