大家好，我不是權(quán)威，我是漫步科研路。

對于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析，我還是比較了解的。轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)反映的是某個組織中的所有基因的表達豐度及表達變化情況。接下來我就講講如何做轉(zhuǎn)錄組來找生物學(xué)意義和候選優(yōu)良基因。

首先是生物學(xué)意義。一般做轉(zhuǎn)錄組測序之前，我們都會先弄清楚實驗?zāi)康模缓笕∠鄳?yīng)的實驗樣品對提取RNA進行轉(zhuǎn)錄組分析。這個實驗?zāi)康睦锩姘艘徊糠稚飳W(xué)意義，那就是你想回答的生物學(xué)問題。比如做植物抗冷性分析，你肯定是要設(shè)計實驗來找到抗冷相關(guān)基因。最直接和常見的思路就是去準備對照組和冷處理組的植物樣品，至于取什么植物組織看個人的需求。然后去提RNA進行測序。這個實驗的生物學(xué)意義首先就是找出植物抗冷分子機制，為創(chuàng)建抗冷植物材料奠定理論基礎(chǔ)。接著我們會對轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進行分析，從分析中我們一般可以找到抗冷共同的一些變化，別人文章數(shù)據(jù)已經(jīng)報道，那就沒什么新穎的了，不過我們往往通過仔細查找分析可以找到一些植物物種特有的東西。這個特有的東西為什么在其他物種中沒有，這里面的差異的尋找就是另外的生物學(xué)意義。這只是簡單的實驗，還有更復(fù)雜的實驗設(shè)計和更復(fù)雜的生物學(xué)意義，比如涉及到基因表達的時空性。

然后是候選優(yōu)良基因的查找。這個是轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析必須要干的事情，也是我們最想得到的。一般情況下，我們會關(guān)注那些跟對照組比較差異最顯著的基因，不管是上調(diào)表達的還是下調(diào)表達的，都應(yīng)該是我們關(guān)注的重點。后期的基因功能驗證也會優(yōu)先選擇這些基因。然后是找某一類基因的變化趨勢，比如你發(fā)現(xiàn)某個激素路徑的所有基因都朝一個方向變化，那么說明這個激素路徑跟抗冷（舉例）有著很大的關(guān)系。然后接下來我們就會拿這個激素去做外源處理，看看處理后的植物是不是更抗冷還是更不抗冷。還有一種就是直接找在某個組織中表達豐度非常高的基因。因為正常條件下，基因表達量越高，說明他的作用也會比較大，所以也會將它們作為候選基因去研究。

也許我上面的描述非專業(yè)人士可能看不太懂，不過既然題主問了這個問題，說明題主應(yīng)該有一定的相關(guān)知識背景。希望我的解答能給題主帶來幫助。