謝邀。
這三所學校，收分最高的應該是同濟大學。但從學科發展水平來看，計算機軟件專業水平最高的應該是華東師范大學。同濟大學在這三所學校當中，軟件工程學科水平處在中間位置，但計算機科學與技術學科水平卻是三校中的頭名。綜合各方面因素，我個人感覺，如果分數允許，在軟件工程專業中首選同濟大學，其次選東南大學，最后才是學科評估等級最高的華東師范大學，但選擇這三所大學的差別并不大。理由如下：
一、軟件工程專業的特殊性。學校水平高低，不代表學生個人能力高低。這個行業中的高手，出身千差萬別，有很多本科是其它專業，跨行業進入軟工的，一樣成為這個行業的高手。我的一名同班同學，機械專業，在三星電子（北京）搞軟件搞得有聲有色。所以這個行業不必太注重學校專業水平排名，橫掃網絡的“熊貓燒香”病毒，作者只是一名?？粕?，畢業于媧石職業技術學校。軟件工程行業最重要的是悟性（天賦）和專注程度。
二、學校在行業內部的影響力。三校同在長三角經濟發達區，上海和南京對大學生影響不會有太大區別，當然上海更好。同濟和東南是傳統的工科強校，對屬于工科的軟件工程專業影響更大。華東師范強項不是工科，對軟件工程行業的影響相對要小。綜合地域與行業影響力，排序為同濟>東南>華師。
三、專業排名更適合以科研為目標的學生作為選擇。如果特別在乎專業排名，第四輪學科評估結果，軟件工程學科評級為：華東師范大學A,同濟大家A-,東南大學B+,計算機科學與技術學科評級同濟大學A-,華東師范大學與東南大學都是B+。這個排名供大家參考。