一、中統的形成和發展
1926年5月，國民黨召開二屆二中全會，決定由蔣介石出任中央組織部部長，以陳果夫為代理部長。為了組織工作的需要，在部內設立了一個“黨務調查科”，負責對黨員情況進行調查登記。這是一個純黨務工作機構，并非特務組織。
1927年“四一二”事變以后，因反共“清黨”及黨內派系斗爭的需要，中央組織部黨務調查科開始擴展其工作范圍，擴充為“情報”與“編造”兩股，人員也由起初的10多人增加了數倍，新增加的人員都是1928年6月由蔣介石從中央黨務學校的畢業生中選擇出來的，他們到任后具體從事“調查黨員思想及派系隸屬”之工作。從此后，中組部黨務調查科的職責即開始向特務工作轉化，與二陳的小組職能合并。
1928年1月，蔣介石重新上臺，他在全面重掌黨政大權之后，痛定思痛，決定擴大自己的特務組織機構，以應付黨內外斗爭的需要。2月底，他采納陳果夫的建議，決定讓國民黨中央組織部下黨務調查科專司負責黨務情報搜集工作，任命其秘書陳立夫為科長。不久后由張道藩、葉秀峰先后任科長，1929年改由徐恩曾任科長。調查科成立時，人數不多，其調查任務是針對黨內的派系斗爭搜集情報。后來由于反共形勢的需要，擴張為政黨斗爭的工具，也搜集中共和其他政治對手的情報。繼而又開設了“特工訓練班”，廣招兵馬擴充組織。
對于這一段歷史，陳立夫幾十年后有過深切的回憶，他在接受采訪時曾津津樂道地回顧并論述了他受命組織特務機構的原因與經過：
蔣公曾去蘇聯，知道該國政治之運用甚詳，而其調統組織之嚴密，實為安定內部之主要因素，因此十六年清黨之后蔣公就要我在他所任部長的組織部下，組織成立調查科，其主要任務為對付共產黨的活動而制裁之。我奉到這個命令，感到我的個性對此頗不適宜，并且對這項工作絲毫沒有知識和經驗，因為我是學采礦工程的，對物而不對人，因此我去請教戴季陶先生。戴先生聽完了我的陳述，他說：“你是一位和善而有智慧的人。做調查工作的人，固然三教九流的人都需要，但是要去管這些人的人，需要一位慈祥而公正的人，才能管得住他們而不出亂子。你看寺廟中兩邊站的十八尊羅漢，個個都是濃眉怒目三頭六臂的，但是中間坐的那位如來佛，卻是何等的慈祥雍穆，惟其如此，才能管得住，做得好，所以蔣先生要你去做，就是這個道理，我看你還是從命罷！”我聽了，才決定去做的。組織部調查科就這樣開始的！……我們的工作進行得非常順利，……不到一年半我就由科長被升為中央黨部秘書長，科長一職經張秘書道藩等先后兼代，最后由徐恩曾（學電氣工程的）接充。由于此一工作是新創的，我雖然離開了科長職而去擔任中央秘書長，許多事情，還是要來請教我的，所以不能完全不管。
二、以“中統”為中心的表面整合時代
1931年底，蔣介石在被迫下臺前夕，除了調兵遣將控制中樞以及給他離任后的新政府留下一副財政爛攤子以外，又想到直接建立一個隱蔽的秘密組織，效忠他個人，以進一步確保他能在不久之后卷土重來。11月間，蔣介石召集他的十幾位“得意門生”開會，反復暗示要他們“怎樣能團結起來？”于是，大家推舉了康澤、戴笠等五人籌備成員，負責為新組織起草紀律條例及章程。
1932年2月，康澤把起草好的條例章程呈報蔣介石，并主張新組織定名為“復興社”。蔣介石批準了這個全稱為“中華民族復興社”的秘密團體的成立。3月初，復興社正式成立。復職后的蔣介石主持了成立大會，他自兼社長，并指定康澤等九人為復興社中央干事會干事，以滕杰為書記，康澤為宣傳處長、戴笠為特務處長。
從嚴格的意義上來說，復興社只不過是具有部分特務成分的秘密政治團體，它還不是完全的特務組織，但其中已經包含了某些特務的性質與功能。復興社成立之后，戴笠被蔣介石選定為特務處處長，鄭介民、唐縱先后任特務處處長助理。這樣，戴笠正式成為蔣介石親信的特工組織首領。這在戴笠個人的特務活動史上也是一個重要的新起點。
再進一步分析，因為復興社的主要成員的出身特點，這一組織的濃厚的軍隊色彩決定了它的特務機構的成立是以戴笠為首的國民黨軍事系統特務組織的肇始。
而這時，作為中統局前身的國民黨中央組織部黨務調查科已經開張有時了。這一組織在主管中組部的陳立夫領導下由徐恩曾負責。在陳立夫的指導下，徐恩曾率領調查科全力進行對中共地下組織的破壞工作。蔣介石對陳立夫的特務機構，要錢給錢，要人給人，盡力扶植。
在這一階段里，國民黨當局的情特機關在對付中共及政治反對派方面是靠中組部黨務調查科，在獲取軍事情報方面則主要依靠戴笠的復興社特務處，而這兩者又是互相攙雜的。
三、軍統的形成和發展
1932年9月，蔣介石欲把戴笠的小組織和中組部陳立夫的特務系統加以統一管轄，一度成立了以陳立夫為首的“國民政府軍事委員會調查統計局”，但這個“軍委會調統局”并不是后來習慣稱謂上的“軍統”組織。
這里所說的“國民政府軍事委員會調查統計局”與后來在抗戰爆發后組建的以戴笠為首的“國民政府及國民黨中央軍事委員會調查統計局”并不是一個組織，雖然名稱相同，也有互相間的組織重疊與包涵意義，但無論是在兩者的人員組成或工作內容上，都有根本的區分。實際上，1932年以陳立夫為首的所謂“軍委會調統局”組織，其基本構成主要是未來的“中統”班底而不是“軍統”的前身。其組織架構為三個處室，以徐恩曾為特務一處處長（CC派、黨統特務、中統前身），戴笠為特務二處處長（藍衣社特務系統，掛名依靠，實則獨立，軍統前身），丁默邨為第三處處長，后由金斌繼任，掌管通訊密碼、匯報安排事宜。
此時從中統組織的角度來看，“特工總部”所用的行政機關的名義，一個是“中央組織部黨務調查處”，這是由調查科擴大而來的；另一個是“國民政府軍事委員會調查統計局第一處”。表面上看，一個是黨務機關，一個是政府機關，似乎互相獨立，實際上不過是特工總部一套人馬的兩張招牌而已。特工總部負責人徐恩曾的公開職務就是黨務調查處處長兼軍事委員會調查統計局第一處處長。而戴笠的特務系統也相類似，被列為第二處，以戴為處長。
由于在陳立夫的“軍委會調統局”成立后，蔣介石依然獨立地掌握著戴笠的系統，使之保持他個人的“御用”特征，以便運用自如，因此實際上仍然是保持了國民黨特務組織“兩條腿走路”的特征，這就為日后的國民黨兩大特務組織系統的正式形成奠定了基礎。
按照軍統方面的歷史解釋，此時戴笠任處長的復興社特務處，是一個政治性的秘密組織，不能公開化；而他同時兼任的陳立夫“軍委會調統局”第二處處長，則是正式的政府機構，可以堂而皇之地列編支費的。這樣分析，此時蔣介石之所以佯將戴笠組織編入陳立夫手下，也是為了解決其經費供給問題，在指揮權上陳對戴是有名無實的，到后來時機成熟后就分道揚鑣了。蔣對其特務系統所運用的“分而治之”的“兩條腿走路”方針是貫徹始終的。