首先題主所說的控制工程專業比較寬泛，目前沒有單獨的叫控制工程專業，有兩個相近的專業：控制科學與工程和控制理論與控制工程。這兩個專業還是有很大的差異的。這里我們就以控制科學與控制工程來說說吧。

三所高校應該說都是比較好的大學，都是211高校，也都是國家“雙一流”世界一流學科建設高校。但是從學校所在位置來講，中國地質大學好于南昌大學，南昌大學好于福州大學。福州大學的光芒被廈門大學掩蓋。

從專業的角度來看，以控制科學與工程來說，三所大學的情況下具體如下：

一級學科代碼及名稱：0811控制科學與工程，以該學科排名來看，中國地質大學為C+，南昌大學和福州大學沒有進入C級。也就是沒有看到相應的排名。

總體來看，如果單從控制工程專業來看，中國地質大學比較強。