當我們編寫PHP應用程序時，代碼的組織是非常重要的一步。組織好的代碼可以提高程序的可讀性和可維護性，從而使開發和維護變得更加容易和高效。

一個好的PHP代碼組織可以根據項目需求的不同而有所變化。下面是一些PHP應用程序的代碼組織的實例：

<?php
/* 示例1 */
// index.php
include 'header.php';
include 'content.php';
include 'footer.php';
?>
<?php
/* 示例2 */
// index.php
require_once 'classes/Router.php';
$router = new Router();
$router->route();
?>
<?php
/* 示例3 */
// index.php
require_once 'config.php';
require_once 'vendor/autoload.php';
$container = new Container();
$router = $container->get('router');
$router->dispatch();
?>

上面的示例代碼展示了三個不同PHP應用程序的代碼組織形式。

第一個示例將頁面分為頭部、內容和底部，然后使用 include() 函數將其組合在一起。這種組織方式重復使用的代碼可以重復利用，并且可以輕松地在代碼中進行修改。

第二個示例使用了面向對象編程的方式，它將程序中的不同功能封裝到了不同的類中。這種組織方式提高了代碼的可維護性和可擴展性。如果需要添加新的功能，只要添加新的類即可。

第三個示例使用依賴注入容器，通過容器管理對象的創建和依賴關系。這種組織方式可以幫助我們避免使用全局變量和單例模式（這兩個東西在PHP中很常見），進而提高代碼的可測試性。

無論用何種方式組織代碼，我們都應該遵循一些基本的規則，以便于其他開發人員能夠更容易地理解和維護我們的代碼。

首先，我們應該保持代碼的一致性。這意味著使用相同的命名約定、代碼風格和注釋格式。所有的變量、函數和類名都應該使用駝峰命名法或下劃線分隔符，以便于在代碼中進行查找和識別。

其次，我們應該盡量避免使用全局變量和全局函數，因為它們很難被測試和維護。相反，我們應該考慮使用命名空間，將我們的代碼封裝到命名空間中，以避免與其他代碼產生命名沖突。

最后，我們應該保持代碼的簡潔性和可讀性。這意味著我們應該在代碼中使用簡單的算法、短小的函數和注釋，以便于其他開發人員更容易地理解我們的代碼。

在PHP應用程序的開發過程中，代碼組織是非常關鍵的一步。無論我們選擇何種方式來組織代碼，我們都應該遵循一些基本的規則，以便于其他人能夠更容易地理解和維護我們的代碼。