Java簽名的原理是：在Java代碼編譯后，通過Java密鑰工具(Java Keytool)生成私鑰和公鑰。使用私鑰進行簽名，并將簽名保存在META-INF目錄下的MANIFEST.MF文件中。其中，MANIFEST.MF文件是JAR包的一部分，用來存儲JAR文件的元數據信息和簽名。

Signature sig = Signature.getInstance("SHA1withDSA");
sig.initSign(privateKey);
FileInputStream fis = new FileInputStream("myfile");
BufferedInputStream bufin = new BufferedInputStream(fis);
byte[] buffer = new byte[1024];
int len;
while ((len = bufin.read(buffer)) >= 0) {
sig.update(buffer, 0, len);
}
bufin.close();
byte[] signature = sig.sign();

Java簽名的校驗分為兩個步驟：首先是驗證簽名本身的合法性，其次是校驗文件是否被篡改過。

Signature sig = Signature.getInstance("SHA1withDSA");
sig.initVerify(publicKey);
FileInputStream fis = new FileInputStream("myfile");
BufferedInputStream bufin = new BufferedInputStream(fis);
byte[] buffer = new byte[1024];
int len;
while (bufin.available() != 0) {
len = bufin.read(buffer);
sig.update(buffer, 0, len);
};
bufin.close();
boolean verifies = sig.verify(signature);

通過Java簽名，我們可以驗證軟件的來源和完整性，保障軟件的安全性。但是，Java簽名并不能完全防止軟件漏洞和攻擊，因此還需要其他的安全措施。