Java版和Windows版是兩種不同的軟件版本，它們在很多方面都有很大的區別。

首先，Java版是基于Java程序開發的，而Windows版則是基于Windows操作系統的。因此，Java版可以在各種不同的操作系統上運行，而Windows版只能在Windows操作系統上運行。

Java版代碼示例：
public class HelloWorld {
public static void main(String[] args) {
System.out.println("Hello, World!");
}
}

Windows版代碼示例：
#includeint WINAPI WinMain(HINSTANCE hInstance, HINSTANCE hPrevInstance, LPSTR lpCmdLine, int nCmdShow) {
MessageBox(NULL, "Hello, World!", "Greeting", MB_OK);
return 0;
}

其次，Java版和Windows版在編程語言上也有很大的不同。Java版主要使用Java編程語言，它是一種面向對象的編程語言。而Windows版則可以使用多種編程語言，如C、C++、C#等。

最后，Java版和Windows版在應用領域上也不盡相同。Java版主要應用于Web開發、游戲開發等領域，而Windows版則主要應用于桌面應用程序的開發。

綜上所述，Java版和Windows版是兩種不同的軟件版本，它們在操作系統、編程語言和應用領域等方面都有很大的不同。