Java是一種面向對象編程語言，常用于開發跨平臺的應用程序。編寫Java代碼后，需要將其編譯成字節碼文件，然后再運行。以下是Java源代碼的編譯和運行指令。

// 編譯源代碼
javac HelloWorld.java
// 運行字節碼文件
java HelloWorld

上述代碼中，HelloWorld.java是Java源代碼文件，在命令行中使用javac編譯成HelloWorld.class字節碼文件。而java命令用來運行字節碼文件。在命令行中執行java命令，并指定要運行的字節碼文件名稱（不帶后綴名）。

如果源代碼中有其他依賴包，需要在編譯時將其加入到classpath中。例如：

// 編譯源代碼，包含依賴包junit-4.12.jar
javac -cp .;junit-4.12.jar MyTest.java
// 運行字節碼文件，同時包含依賴包junit-4.12.jar
java -cp .;junit-4.12.jar org.junit.runner.JUnitCore MyTest

上述代碼中，-cp參數用于指定classpath，多個路徑之間使用分號（Windows）或冒號（Linux）進行分隔。運行JUnit測試時，需要使用JUnit的運行器org.junit.runner.JUnitCore。