在Java中，要實現音頻和視頻合并，我們可以利用FFmpeg庫進行處理。首先需要安裝FFmpeg庫并在Java程序中引入，代碼如下：

ProcessBuilder pb = new ProcessBuilder("/path/to/ffmpeg", "-i", "/path/to/video", "-i", "/path/to/audio", "-c:v", "copy", "-c:a", "aac", "-shortest", "/path/to/output");
pb.redirectErrorStream(true);
pb.start();

上述代碼中，我們使用了ffmpeg工具將視頻和音頻進行合并。其中，/path/to/ffmpeg是FFmpeg工具的路徑，/path/to/video和/path/to/audio分別是要合并的視頻和音頻文件的路徑，-c:v copy表示視頻編碼要直接復制，-c:a aac表示音頻編碼要用AAC格式，-shortest表示以兩個輸入流的最短時間為基準進行合并，/path/to/output為輸出文件的路徑。

需要注意的是，在進行視頻和音頻合并時，要確保輸入的音頻和視頻文件是相同的格式和編碼類型，否則可能會出現無法預料的錯誤。

除了使用FFmpeg庫進行音頻和視頻的合并，還可以考慮使用其他第三方的Java音視頻處理庫，例如JavaCV、Xuggler等，這些庫也可以完成音視頻的合并操作。