Java和PHP都是重要的編程語言，在軟件應用開發中都有著廣泛的應用場景。Java具有強大的跨平臺性，可在多種硬件和操作系統上運行；PHP則是專門用于Web開發的腳本語言，擁有強大的動態網頁生成能力。

從開發工具來看，Java主要使用Eclipse、NetBeans等IDE開發工具，而PHP則多數情況下使用開源的編程軟件包如WAMP、LAMP或XAMPP。

Java和PHP的代碼也有明顯的區別。Java是一種面向對象的編程語言，其極大的好處是在多線程編程情況下不易產生死鎖；而PHP則是一種文本處理語言，其好處是靈活性強，適用于處理字符串和網頁文字。

public class HelloWorld {
public static void main(String[] args) {
System.out.println("Hello, World");
}
}

<?php
echo "Hello, World";
?>

當然，就語法而言，Java更加規范和嚴謹；而PHP在語法上則存在著多種處理方式，這一點也是兩種語言的明顯區別。

從性能方面考慮，Java的性能通常比PHP更強，對于復雜的系統開發，Java的優勢有所凸顯。

總的來說，兩種編程語言各有各的優缺點。在實際的開發過程中，應根據具體的需求情況來選擇適合的編程語言。