JAR包和Java文件都是Java程序中常見的文件類型，但是兩者在實際應用中有著不同的作用。

首先，JAR（Java Archive）包是Java程序中用于存放類、資源文件和配置文件的一種壓縮文件格式。一個JAR包可以包含多個Java類文件，以及其他的非Java文件，如圖片、文本等。

// 示例代碼：創建JAR包
jar cvf myJar.jar *.class

在實際開發中，JAR包可以方便地將一組相關的類和資源文件打包成一個整體，方便代碼的發布和使用。同時，也可以將JAR包作為庫文件引用到其他Java程序中進行使用，以達到代碼復用的效果。

而Java文件則是Java程序的源代碼文件，其后綴名為.java。在編寫Java應用時，我們需要編寫Java源代碼文件，通過編譯能夠生成對應的二進制Java類文件，這些類文件可以打包成JAR包或直接運行。

// 示例代碼：編譯Java文件
javac MyProgram.java

Java文件與JAR包的不同之處在于，Java文件是開發人員進行編寫和修改的主要文件類型，而JAR包則是將Java程序打包和發布的重要手段。同時，相對于JAR包而言，Java文件更加靈活且易于修改，但直接使用Java文件作為庫文件使用則需要進行手動的編譯和打包等操作。