眾所周知，搜索引擎優化(SEO)是建立在搜索引擎原理的基礎上，通過對網站的調整、優化，以提高網站在搜索引擎中的排名，從而提高流量及曝光率。在Vue應用的設計中，由于其基于前端框架的特點，導致SEO優化有一定劣勢。

在Vue應用中，整個前端的組件都是由JS動態生成的，而搜索引擎爬蟲在讀取網頁時并不會等待JS動態生成組件完成，而是直接讀取Vue應用生成的DOM樹，而此時還沒有生成任何組件，導致搜索引擎對該網頁內容的抓取能力受到限制，從而會對網頁的搜索排名造成負面影響。

// 以下代碼為Vue應用中動態生成DOM樹的示例代碼
// Vue組件
Vue.component('hello', {
template: '
Hello Vue!
'
});
// 組件實例
new Vue({
el: '#app'
});

在Vue應用中，由于大多數的路由配置、數據請求、頁面渲染都是通過JS完成的，而搜索引擎對于AJAX異步請求和JavaScript的執行過程并不會進行等待，導致搜索引擎不能了解Vue應用內部的動態生成元素，在搜索引擎抓取時僅獲取到靜態頁面中呈現出來的部分內容，造成蒙面效應，從而限制了其SEO優化的效果。

此外，在Vue應用的設計中，由于其各種的兼容性問題，使得其在不同瀏覽器下呈現出來的樣式及交互效果可能會出現問題，這也會造成搜索引擎無法正確抓取及理解網頁內容的問題，以進一步影響網站的搜索排名。

綜上所述，Vue應用在SEO優化中的劣勢是非常明顯的。在設計Vue應用時，應盡可能地在靜態HTML結構上進行頁面渲染，提高搜索引擎爬蟲讀取的效果。此外，對于SEO優化問題，應不斷深入研究SEO先進技術，及時學習和掌握搜索引擎的相關算法和規則，開發出完全符合符合SEO優化要求的Vue應用，并且不斷進行更新迭代，以保持在網站的搜索排名上的競爭優勢。