MySQL是一款流行的關系型數據庫管理系統。它使用了索引來加速查詢和排序操作，提高查詢性能。那么這些索引文件到底存在哪里呢？

首先，需要了解MySQL的索引類型。MySQL支持多種索引類型，包括B-Trees、Hashes、R-Trees等等。而不同類型的索引文件存儲在不同的位置。

對于B-Tree索引，它的索引文件存儲在文件系統上。每個索引對應一個文件，文件名格式為table_name.idx。MySQL會為每個表創建相應的索引文件。當對該表執行查詢操作時，MySQL會讀取相應的索引文件進行搜索。索引文件通常存放在MySQL的數據目錄下，該目錄的路徑可以在MySQL的配置文件中進行配置。

[mysqld]
datadir=/path/to/mysql/data

對于HASH索引，它的索引文件存儲在內存中。HASH索引適用于等值查詢操作，速度快，但是不支持范圍查詢和排序操作。HASH索引的另一個限制是索引文件大小不能超過緩存區大小，否則會啟用外部排序算法。

對于R-Tree索引，它的索引文件也存儲在文件系統上，文件名格式為table_name.MYD和table_name.MYI。R-Tree索引適用于空間數據類型的索引，比如地理信息數據類型，可以實現對這些數據的高效查詢。

總結來說，MySQL的索引文件存在文件系統或者內存中，具體位置取決于索引類型。