MySQL索引文件是存儲在系統上的，它們包括數據目錄及子目錄中的一組文件。MySQL為每個存儲引擎維護索引文件，存儲在與該引擎相關聯的文件系統中。在InnoDB存儲引擎中，它是存儲在表空間中的。在MyISAM存儲引擎中，索引數據存儲在MYI文件中。

mysql>SHOW VARIABLES LIKE 'datadir';
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| Variable_name | Value                    |
+---------------+--------------------------+
| datadir       | /var/lib/mysql/          |
+---------------+--------------------------+
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默認情況下，MySQL將數據庫文件存儲在系統上的/var/lib/mysql/目錄中。在此目錄中，將創建每個數據庫及其相關文件和文件夾。例如，test數據庫將有一個test文件夾，其中包含了表test表的MYD，MYI和frm文件。這些文件存儲了表中的數據、索引和結構。

因此，在MySQL中使用索引來提高查詢性能時，可以通過查看MySQL索引文件的存儲位置來更好地了解該過程是如何實現的。